أنشئ المجلس العلمي في جامعة طيبة، في العام الجامعي 1424-1425هـ ، ويعنى المجلس العلمي بالشؤون العلمية لأعضاء هيئة التدريس وشؤون البحوث والدراسات والنشر.
حيث يتَّبع المجلس العلمي في تنظيم أعماله، المواد من المادة الثامنة والعشرون إلى المادة الحادي والثلاثون من نظام مجلس التعليم العالي والجامعات ولوائحه.